二人在城內(nèi)客棧賭坊救下富家公子劉晉元，逍遙與其結(jié)為兄弟，三人在客棧中相伴而飲。次晨，逍遙送走劉晉元，帶靈兒同逛蘇州城。剛出客棧大門，二人便遇一算命仙。算命仙指逍遙會走桃花運，贊靈兒 “瑤光聚頂，靈氣逼人。在朝必為帝后，在野亦為人杰”，但近日恐有劫難。逍遙大怒，拒不付錢，拉著靈兒走開。逛至一雜貨攤前，逍遙見一支銀釵和靈兒很是相配，執(zhí)意買下送給靈兒，靈兒嬌羞不已。二人途經(jīng)林家堡，見一眾人瞧熱鬧，得知林家大小姐正在比武招親，也湊了上去。剛巧在人群中遇到劉晉元，才知林家小姐是他表妹。林小姐無意中認出逍遙，逍遙也認出她是昨日的刁蠻千金。為了化解誤會，逍遙答應上臺比試，若能比武得勝，先前的誤會就一筆勾銷。李逍遙再次將林月如打敗，結(jié)果成了林家的乘龍快婿。林月如之父、南武林盟主林天南對逍遙大為贊許，執(zhí)意招逍遙為婿。靈兒見逍遙未將自己當作妻子，黯然神傷，表示可以一個人回南詔，逍遙執(zhí)意不允。

　　逍遙往西廂房找靈兒。靈兒臉色蒼白，滿懷心事，欲言又止，逍遙大為關切，囑她早點休息，明日再帶她逛蘇州城。逍遙找到月如欲說清比武招親之事，無奈月如已認定這門親事。正當林天南請相士為李、林二人合八字時，靈兒因日間強行使用還魂咒，且有了身孕，現(xiàn)出人首蛇身之原形，被林家丫環(huán)冬梅瞧見，誤以為蛇妖，林家堡頓時亂作一團。逍遙憂心靈兒，不顧一切闖入房中，林月如尾隨其后。逍遙不知眼前的半人蛇便是靈兒，舉劍相向，幸好得月如及時勸阻。靈兒凝望二人半晌，撞破墻壁逃開，奔至白河村外的樹林，因體力不支昏倒。

　　同時，林家人說靈兒是蛇妖，逍遙大怒，以為靈兒被蛇妖抓去，發(fā)誓不找到靈兒不回來，獨自追出。月如不顧林天南反對，追隨而去，以兄妹相稱。二人追至隱龍窟，洞中的蛇妖男和狐妖女矢口否認抓過靈兒，逍遙怒不可遏，狂性大發(fā)，和月如連手殺死二妖，順便救出被困于洞中的一眾女子。

　　次晨，白河村韓醫(yī)仙之女韓夢慈外出采藥，發(fā)現(xiàn)昏迷在路邊的靈兒，將她帶回醫(yī)館。韓醫(yī)仙發(fā)現(xiàn)靈兒懷了身孕，靈兒醒后，對韓醫(yī)仙大致訴說了自己的遭遇。不久，逍遙和月如來到醫(yī)館，欲請身為村長的韓醫(yī)仙放行，以便繼續(xù)找尋靈兒，卻發(fā)現(xiàn)昏迷在床，不愿見他們的靈兒。韓醫(yī)仙依靈兒之意瞞住懷孕一事，托逍遙和月如收集藥材給靈兒“補身子”(實是安胎)。韓醫(yī)仙勸靈兒告訴逍遙真相，說李少俠不是薄情之人。靈兒欲卸下逍遙的重任，不愿說出真相。

　　逍遙和月如收集藥材歸來，將六神湯喂靈兒服下。恰逢附近鬧僵尸，處處是受傷村民，靈兒欲留下以仙術幫忙救治病人，藉以離開逍遙。逍遙不允，認為應除掉元兇。三人受韓醫(yī)仙父女指示，前往對岸的玉佛寺求方丈智修大師下山收服尸妖，卻發(fā)現(xiàn)智修迫人出家的秘密。三人擊敗智修，方知一切都是玉佛珠化身的小和尚智澤變出來的。智澤經(jīng)靈兒點化，方悟到過去所為的荒唐，愿此后以原形追隨靈兒。靈兒為其取名小石頭，并配戴上玉佛珠，三人動身往黑水鎮(zhèn)將軍冢除滅元兇赤鬼王。 執(zhí)手相看，無語凝噎。

　　玉佛珠驅(qū)散了墓穴口的陰氣，三人深入將軍冢底層，打敗僵尸王，繼而落入血池。血池盡頭，元兇赤鬼王亦被消滅，三人意外得到失落多年的土靈珠，靈兒見此物，心知已到了自己肩負女媧族使命的時刻了。

　　三人回白河村報喜，卻得知韓夢慈被黑苗人抓走，藉以要挾靈兒往鬼陰山赴會。鬼陰壇內(nèi)，南詔忠臣石長老出現(xiàn)，要靈兒隨他回南詔見巫王最后一面，并繼承南詔王位。其間石長老動武，三人不敵，先后被打暈。不一會兒，靈兒蘇醒，見逍遙和月如已被囚于籠中，昏迷不醒。為保二人性命，靈兒答應隨石長老回南詔。 被趕來的韓醫(yī)仙救醒，得知靈兒此舉，發(fā)誓定要將她找回，隨即動身繼續(xù)追尋。

　　逍遙和月如一行途徑長安郊外山腳的揚州追至此處，被大理將軍蓋羅嬌設計迷暈，欲誘靈兒隨其去大理，以挾持巫王。雙方為爭奪靈兒大肆拼殺，南詔士兵不敵，只剩石長老苦戰(zhàn)。最終，石長老使出赤血毒引爆自身，重傷白苗眾人。蜀山仙劍派掌門獨孤劍圣路過此處，見滿地鮮血尸體，誤將靈兒當作行兇的妖孽，飛劍傷靈兒，將她抓去蜀山，投入五百年來專門禁錮窮兇極惡之妖魔的鎖妖塔。負責護塔的鎮(zhèn)獄明王發(fā)現(xiàn)靈兒體內(nèi)潛藏的無窮力量，大為吃驚，又見她不畏化妖池水，于是將靈兒以巨鏈捆鎖于塔底最大的劍柱之最高點。靈兒身懷有孕不堪折磨，失去人形。當她已經(jīng)快要絕望的時候，一路尋至蜀山派的逍遙得知靈兒被囚塔中，不顧眾人的反對和勸阻，執(zhí)意犯險入塔救靈兒出來。月如決意陪同。

　　鎖妖塔底，逍遙終于再見到靈兒，但印入眼簾的竟是人首蛇身的“蛇妖女”，無法接受這個事實。大受打擊之際，由于逍遙對靈兒的深情，忘憂散失效，逍遙立刻記起和靈兒在仙靈島上共締鴛盟的點點滴滴，痛悔自己傷靈兒太深，不介意人“妖”之別，縱身斬斷鎖鏈，救下靈兒。面對鎮(zhèn)獄明王的逼迫和污蔑，靈兒說出女媧后裔真正身份，體內(nèi)潛藏的力量覺醒，三人連手擊敗鎮(zhèn)獄明王。眾妖見狀，皆以靈兒馬首是瞻，共商出塔之法。在靈兒的調(diào)解之下，三人得書中仙指示，打斷化妖池底支撐鎖妖塔的七根七星盤龍柱，鎖妖塔崩，眾妖得以脫身。然其間月如卻被崩落的巨石砸死……

　　塔崩之際，劍圣回心轉(zhuǎn)意，危急中救出三人，送往苗疆靈山圣姑處治傷。靈兒身受重創(chuàng)，難以復原，昏迷不醒。后逍遙蘇醒，得知靈兒懷孕之事和月如死訊，伏在月如身旁黯然落淚深深自責。整裝之后，立刻動身為靈兒找尋仙藥金翅鳳凰蛋殼和火眼麒麟角，其間結(jié)識白苗族長南蠻王之女阿奴。逍遙和阿奴得麒麟老人指示，前往大理女媧神廟，逍遙被青兒的幽魂招入神像，逍遙向青兒表示靈兒是自己的妻子，自己對靈兒的愛天地可鑒。青兒欣慰，施展回魂仙夢將逍遙送回十年前，助小靈兒脫險，幫青兒脫困，見證了當年靈兒所不知的一系列變故，并尋回早年被父母李三思夫婦偷去的水靈珠回到現(xiàn)實�；貋頃r，發(fā)現(xiàn)時間早已過了一個月。逍遙心憂靈兒，忙和阿奴趕回圣姑家中。