李逍遙與月如為尋靈兒又繼續(xù)旅行，到達(dá)揚(yáng)州，夜晚月如為逍遙蓋被的幽幽嘆息讓逍遙隱隱發(fā)現(xiàn)了月如對自己的心意。兩人遇女飛賊見義勇為，結(jié)果被誣是女飛賊同伙，李逍遙獨(dú)身抓獲女飛賊，了結(jié)此案。出城遇到蛤蟆精，殺掉后奪得五毒珠。二人來到一鄉(xiāng)野客棧，卻被迷藥迷倒，原來蓋羅嬌不想讓他人卷入對靈兒的爭斗，所以迷倒兩人，而她卻不知兩人正是要尋靈兒。蓋羅嬌與石長老之間為了爭奪靈兒進(jìn)行了一場慘烈的混戰(zhàn)，死者甚多，引起了路過的蜀山派掌門，劍圣獨(dú)孤宇云的注意。石長老使用終極絕殺：赤血毒將其他的白苗人盡皆擊斃，自己也爆裂而死，獨(dú)孤宇云這時(shí)趕到，誤認(rèn)為靈兒是這次慘案的始作俑者，逍遙聽見靈兒尖叫聲驚醒。獨(dú)孤宇云早已捉走了靈兒并將她封印于鎖妖塔下，而逍遙從蓋羅嬌口中得知靈兒原是南紹國公主。

　　后來，逍遙月如路過京城，月如說想順利探親，逍遙應(yīng)允并和月如隨云姨來到尚書府，得知月如表哥劉晉元已娶彩依為妻，而且劉晉元患重病，請道士反而道士被妖精所耍。月如父林天南尋至，與逍遙比武未勝，慨然而去。此時(shí)月如趕來，逍遙開始認(rèn)真正視和月如的感情，問月如怕不怕和自己在一起后做個(gè)要飯的，月如向逍遙表明心跡，道此生無悔，逍遙心情動(dòng)搖，情不自禁握住月如之手，二人約定在找到靈兒并結(jié)束一切事情后，就和對方一同“吃到老，玩到老”，正當(dāng)甜蜜之際，卻被從后林慌張跑出的彩依打斷....后來二人發(fā)覺劉晉元妻彩依實(shí)為蝴蝶妖，二人遇到酒劍仙 酒劍仙欲施法擒妖卻睡著(其實(shí)就是應(yīng)該睡著)。蝴蝶妖彩依欲救夫君被逍遙月如二人誤會(huì)，二人追入林中，得知一切乃蜘蛛精作祟，二人苦戰(zhàn)未勝，之間一把飛劍直插蜘蛛精天靈蓋，蜘蛛精斃命，原來是酒劍仙趕到，得到雷靈珠，酒劍仙施展飛仙術(shù)(御劍飛仙改為御酒葫蘆)帶二人來到蜀山。

　　與酒劍仙一起回到蜀山后，逍遙發(fā)現(xiàn)靈兒所配玉佛珠，得知靈兒被困鎖妖塔，憤怒下與獨(dú)孤劍圣交涉卻失敗后，李逍遙強(qiáng)闖鎖妖塔。逍遙怕此路艱險(xiǎn)有去無回讓月如不必跟隨，月如卻表明生死相隨，逍遙感動(dòng)無以言表。鎖妖塔底，逍遙終于再見到靈兒，但印入眼簾的竟是人首蛇身紅發(fā)的“蛇妖女”，無法接受這個(gè)事實(shí)。大受打擊之際，忘憂散失效，逍遙立刻記起和靈兒在仙靈島上共締鴛盟的點(diǎn)點(diǎn)滴滴，痛悔自己傷靈兒太深，不介意人“妖”之別，縱身斬?cái)噫i鏈，救下靈兒，要與靈兒同生共死。面對鎮(zhèn)獄明王的逼迫和污蔑，靈兒說出女媧后裔真正身份，體內(nèi)潛藏的力量覺醒，三人連手擊敗鎮(zhèn)獄明王。眾妖見狀，皆以靈兒馬首是瞻，共商出塔之法。在靈兒的調(diào)解之下，三人得書中仙指示，打斷化妖池底支撐鎖妖塔的七根七星盤龍柱，鎖妖塔崩，眾妖得以脫身。然其間月如卻被崩落的巨石砸死……

　　塔崩之際，劍圣回心轉(zhuǎn)意，危急中救出三人，送往苗疆靈山圣姑處治傷。靈兒身受重創(chuàng)，難以復(fù)原，昏迷不醒。后逍遙蘇醒，得知靈兒懷孕之事和月如死訊，又喜又悲。伏在月如身旁回憶與伊人之往昔，逍遙痛苦難以深深自悔，第一次流下男兒淚....整裝之后，逍遙立刻動(dòng)身為靈兒找尋仙藥金翅鳳凰蛋殼和火眼麒麟角，此時(shí)鳳凰蛋卻被突然出現(xiàn)一女孩所偷走，逍遙追趕，不想失足摔落。女孩施還魂咒，救活逍遙，逍遙卻誤以為是靈兒，看都不看就將女孩抱住，于是結(jié)識(shí)了這女孩：阿奴。阿奴也從此對逍遙產(chǎn)生了愛慕之情，逍遙答應(yīng)阿奴去幫他找寶物，于是二人打敗一堆小樹精(樹精BOSS在最后才出現(xiàn))開保箱得到一堆好東東，就是沒有水靈珠。

　　出來后，阿奴以風(fēng)靈珠吹開前面桃樹林的霧，逍遙阿奴進(jìn)入干掉了危害村莊的一個(gè)道士，回來村民送給逍遙一個(gè)壽葫蘆，便消失了。原來村民皆為桃樹妖，這就是仙劍中的桃源村。

　　二人到了大理，偷偷進(jìn)入麒麟洞，順利搞到麒麟角和火靈珠，然后來到女媧殿祭拜，逍遙覺得女媧像與靈兒十分相似于是上前卻被吸入。原來女媧像是靈兒之母巫后林青兒，青兒問逍遙是否真的愛靈兒，哪怕她非人類。逍遙道：靈兒是我妻子，我當(dāng)然永遠(yuǎn)愛她。我的靈兒是人間的仙女，當(dāng)然與凡人不同。 青兒送逍遙回到十年前，看到了曾經(jīng)發(fā)生的一切：逍遙從黑苗士兵那里救了姥姥和小靈兒，兩人乘上鳳凰飛走。而逍遙一會(huì)又碰到一撥黑苗士兵，繼續(xù)打倒，然后脫下他們的衣服穿上。來到南紹王宮的地牢找到了巫后，逍遙在石長老的幫助下拿到天蛇杖，巫后從牢房出來。兩人準(zhǔn)備離開時(shí)碰見國王巫王——靈兒之父，逍遙與巫后現(xiàn)出真身，在拜月教主陰謀下，逍遙與巫后無法逃走，逍遙被巫后用旋風(fēng)送上岸。逍遙搭著鳳凰飛走，鳳凰把逍遙帶到了十里坡的山神廟前，遇見了小的時(shí)候的逍遙。小逍遙帶著逍遙找到小靈兒，姥姥讓逍遙找來靈月宮主，靈月宮主帶著姥姥和小靈兒去了仙靈島。逍遙到了十里坡，發(fā)現(xiàn)一個(gè)寶箱，里面竟有失散多年的水靈珠，逍遙終于找到了被李三思盜出的水靈珠并用木劍向小逍遙換取，逍遙換得水靈珠后回到了現(xiàn)實(shí)中……(由此產(chǎn)生了這個(gè)問題：水靈珠是被小時(shí)候的逍遙當(dāng)彈子玩了，逍遙是拿木劍與小時(shí)候的逍遙交換水靈珠的，那么，游戲剛開始的木劍是十年前的小時(shí)候，十年后的逍遙送的，而十年后自己又把木劍送給十年前的自己 這就是個(gè)先有蛋還是先有雞的問題了)。逍遙在回魂仙夢里遇到了利用他心中思幻化成月如摸樣的羅剎鬼婆，再度激動(dòng)落淚，并要求假月如跟他一同回去，后假月如對逍遙痛下殺手，逍遙仍因面前人的樣貌不忍還手，最終在在書中仙的提醒下才突破了夢魘。最后更是因?yàn)榭吹搅耸�年前的小月如，滿足了心底愿望，才回到了現(xiàn)實(shí)。(這一段為新仙劍新增的劇情)

　　逍遙回到現(xiàn)實(shí)后，阿奴已在巫后像前祈禱和守候了一個(gè)多月，看到逍遙回來，阿奴喜極而泣，情不自禁地給了久別重逢的逍遙一個(gè)擁抱。逍遙牽念靈兒，急忙回到圣姑處。過了數(shù)月，靈兒生下女兒，逍遙欣喜萬。靈兒為了紀(jì)念月如故為女兒取名憶如。逍遙受托于圣姑去試練窟收集36個(gè)傀儡蟲(其實(shí)是救月如，讓她處于沒死也不活狀態(tài)�？�儡蟲的屬性說的明白：讓死者重新能夠攻擊9回合 但并不復(fù)活，體力依然為0，那不就是不死不活么。正應(yīng)圣姑那句話：讓她活的方法我沒有，讓她不死的方法我卻有很多) 偶然找到了女媧遺跡與阿奴學(xué)習(xí)了召喚風(fēng)雷火土水五神的技能。

　　回來后，黑苗進(jìn)攻白苗都城大理，趙靈兒趕往女媧圣殿，接下母親所傳圣靈套裝(靈蛇杖、圣靈披風(fēng)、圣靈珠)以五靈珠求雨，頃刻之間，天降甘霖，大地回春，兩族化解了干戈。

　　后來，拜月教主仍不死心，派地魔獸攪亂大理慶功宴。地魔獸從地下鉆出。逍遙、靈兒、阿奴三人合力殺之，并追入地下，進(jìn)入黑苗都城南紹城地下迷宮。最后到了南紹皇宮，遇到巫王——靈兒之父(假的)拜月現(xiàn)身，靈兒被假巫王從背后刺了一刀，昏迷不醒，逍遙又驚又痛、不知所措。原來巫王乃樹精所化，逍遙阿奴合力殺之。逍遙大怒，追入欲找拜月報(bào)仇，阿奴趕來，靈兒卻不知為何蘇醒也趕來，三人合力敗之。

　　拜月教主跳入水中與水魔獸合體，引發(fā)水災(zāi)，天地間頓時(shí)掀起滔天巨浪，淹沒苗疆城鎮(zhèn)村莊。逍遙救下落入洪水的阿奴，靈兒為拯救天下蒼生卻犧牲了自己，與水魔獸同歸于盡。天空放晴，逍遙呆呆望著一束金色陽光緩緩送下天蛇杖，天蛇杖在陽光照耀下閃閃發(fā)光，卻久久不見靈兒歸來。逍遙悲痛欲絕，告別阿奴，前往蜀山，在路上遇見雪地執(zhí)傘嫣然而笑，懷抱逍遙之女憶如的月如。